นับตั้งแต่เกิดเหตุการณ์ความไม่สงบในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ในเดือนมกราคม 2547 เป็นต้นมา ประชาชนในพื้นที่ดังกล่าว ต่างต้องอยู่กับความหวาดผวากับสถานการณ์ที่เกิดขึ้น ขณะที่ทางฝ่ายบ้านเมืองก็พยายามอย่างเต็มที่ที่จะควานหาตัวผู้ก่อความไม่สงบในพื้นที่มาให้ได้ เพื่อคืนสันติสุขให้กลับคืนสู่ดินแดนด้ามขวานของไทย

"ปอเนาะ" ซึ่งเป็นสถานที่สอนศาสนาอิสลามให้กับเด็ก เยาวชนและประชาชนในพื้นที่ ถูกจับตามองว่าอาจเป็นแหล่งรวบรวมกำลังพลในการก่อความไม่สงบ จนนำมาซึ่งการตรวจค้นและจับกุมโต๊ะครูหลายครั้งด้วยกัน ขณะเดียวกันการดำเนินการดังกล่าวของฝ่ายบ้านเมืองก็ไปสร้างความไม่พอใจให้กับโต๊ะครูซึ่งเป็นผู้นำทางศาสนาใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ด้วย
ทันทีที่รัฐบาลประกาศ "จัดระเบียบปอเนาะ" เมื่อประมาณกลางปี 2547 กระแสเสียงคัดค้านและต่อต้านจากผู้นำทางศาสนาจึงดังขึ้นอย่างอึงมี่และทำท่าว่า การประกาศจัดระเบียบปอเนาะทำท่าจะล้มเหลวเพราะไม่ได้รับความร่วมมือจากบรรดา "บาบอ" ซึ่งเป็นเจ้าของปอเนาะ และโต๊ะครูในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนทั้งหมด
"ขณะนั้นโต๊ะครูทุกคนไม่เข้าใจว่าการจัดระเบียบปอเนาะที่รัฐบาลประกาศออกมานั้น หมายความว่าอะไร เราเข้าใจว่ารัฐบาลจะเข้ามาควบคุมดูแลการสอนศาสนาของเราทั้งหมด นอกจากนี้รัฐบาลก็บอกกับพวกเราด้วยว่าจะมีการประมวลและจัดทำหลักสูตรอิสลามศึกษาขึ้น ขณะนั้นเราก็เข้าใจว่ารัฐบาลจะเป็นผู้ออกหลักสูตรเองแล้วให้เรานำมาปฏิบัติ ทำให้ผู้นำทางศาสนาไม่ยอมให้ความร่วมมือและเกิดกระแสต่อต้านขึ้น แต่เมื่อได้ทำความเข้าใจกันแล้ว ทุกคนก็พร้อมให้ความมือ" มูฮัมมัดอาลาวี บือแน เลขานุการชมรมสถาบันศึกษาปอเนาะจังหวัดชายแดนภาคใต้ เปิดเผยถึงความเข้าใจที่ไม่ตรงกันระหว่างผู้นำทางศาสนาอิสลามในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้และฝ่ายรัฐบาล
เจตนารมณ์ที่รัฐบาลต้องการดำเนินการในขณะนั้น คือ ขอให้ปอเนาะมาขึ้นทะเบียนเป็น "สถาบันศึกษาปอเนาะ" อย่างถูกต้องตามกฎหมาย โดยรัฐจะจัดงบประมาณสนับสนุนให้จำนวนหนึ่ง ตามที่สถาบันปอเนาะแต่ละแห่งต้องการพัฒนาตามความจำเป็น ขณะเดียวกันก็ขอให้ผู้นำทางศาสนาและครูสอนศาสนาร่วมกันประมวล"หลักสูตรการจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาในสถาบันปอเนาะ" ขึ้น เพื่อให้สถาบันศึกษาปอเนาะทุกแห่งสามารถนำไปใช้ได้อย่างแพร่หลาย ซึ่งหลังจากทำความเข้าใจได้ตรงกันแล้ว มีปอเนาะยื่นจดทะเบียนทั้งสิ้น 212 แห่ง และมียื่นขอจดทะเบียนเพิ่มเติมอีก 31 แห่งในภายหลัง

อารีย์ วงศ์อารยะ รมช.ศึกษาธิการ ซึ่งเป็นรัฐมนตรีที่ถูกวางมือให้มาช่วยทำงานในเรื่องนี้โดยตรง ระบุว่า รัฐบาลต้องการให้ผู้นำทางศาสนาอิสลาม ตลอดจนโต๊ะครูและผู้เชี่ยวชาญทั้งหลายมาร่วมกันประมวลการจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษา เพื่อจะได้รู้ว่าปอเนาะแต่ละแห่งสอนเรื่องอะไร เรียนเรื่องอะไรกัน ขณะเดียวกันก็จะส่งผลดีต่อปอเนาะทั่วไปด้วย เพราะรัฐบาลและคนทั่วไปจะได้รู้ว่าสถาบันศึกษาปอเนาะทุกแห่งสอนให้คนเป็นคนดี เป็นแหล่งอบรมบ่มนิสัยเด็กและเยาวชนให้รักสันติสุข ซึ่งจะไม่ถูกเข้าใจผิดว่าเป็นแหล่งที่ก่อให้เกิดความไม่สงบในพื้นที่ขึ้น
ความร่วมมือระหว่างผู้นำทางศาสนาและรัฐบาลในการประมวลการจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาในสถาบันปอเนาะ ภายหลังกาจดทะเบียนสถาบันศึกษาปอเนาะดำเนินไปอย่างต่อเนื่อง ซึ่งเมื่อวันที่ 7 มี.ค.ที่ผ่านมา นายอารีย์พร้อมด้วย บาบอ โต๊ะครูและผู้ช่วยโต๊ะครูกว่า 350 คน ได้มาร่วมกันพิจารณาประมวลจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาจังหวัดชายแดนภาคใต้ขึ้น หลังจากที่คณะกรรมการประมวลการจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาในสถาบันศึกษาปอเนาะที่ ศธ. ตั้งขึ้น ได้วิเคราะห์การจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาในสถาบันศึกษาปอเนาะจังหวัดชายแดนภาคใต้เสร็จเรียบร้อยแล้ว

สำหรับประมวลการจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาฯ มีกลุ่มเนื้อหาสาระจำนวน 16 รายวิชา ประกอบด้วย
1.รายวิชาอัล-กุรอาน เรียนรู้เกี่ยวกับการอ่านและการนำไปใช้ประกอบศาสนกิจ
2.รายวิชาอัล-หะดีษ เรียนรู้ข้อบังคับและแนวปฏิบัติตามหลักศาสนาและการนำไปใช้ในชีวิตประจำวัน รายวิชา
3.รายวิชาหลักศรัทธา เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับหลักการศรัทธาตามแนวฉบับของอิสลาม
4.รายวิชาศาสนบัญญัติ เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับบทบัญญัติของสาสนาอิสลาม เพื่อให้การปฏิบัติศาสนกิจได้อย่างถูกต้องและมีทัศนคติที่ดีต่อการปฏิบัติศาสนกิจ
5.รายวิชาจริยธรรม เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับคุณธรรมจริยธรรมอันดีงามตามหลักการของศาสนาอิสลาม
6.รายวิชาอัครขรวิธี เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับหลักไวยากรณ์ของภาษาอาหรับ
7.รายวิชาวากยสัมพันธ์ เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับคำในภาษาอาหรับ
8.รายวิชาอรรถาธิบายอัลกุรอาน เข้าใจความหมายของอัลกุรอานและหลักการอรรถาธิบายอัลกุรอาน ยึดมั่นในการดำเนินชีวิตอยู่ร่วมกันในสังคมอย่างสันติสุข
9.รายวิชาหลักการอ่านอัล-กุรอาน เรียนรู้หลักการอ่านอัล-กุรอานได้คล่องและถูกต้อง
10.รายวิชาหลักการอรรถาธิบายอัล-กุรอาน เรียนรู้หลักการตีความโองการอัลกุรอานเพื่อเข้าใจสาระได้ถูกต้อง
11.รายวิชาหลักการวัจนะ เรียนรู้และเข้าใจในการวิเคราะห์อัลฮาอิษ บทฮาดิษและผู้รายงานอัลฮาดิษ ตลอดจนนำไปใช้ในชีวิตประจำวัน
12.รายวิชาหลักการศาสนาบัญญัติ เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับหลักการศาสนาบัญญัติและตีความอัลกุรอานและฮาดีษเพื่อกำหนดบทบัญญัติ
13.รายวิชาแบ่งมรดก เรียนรู้และเข้าใจวิธีการแบ่งมรดกของผู้ที่ถึงแก่กรรม เพื่อรู้ถึงสิทธิรับมรดก

14.รายวิชาศาสนประวัติ เรียนรู้เหตุการณ์ในอดีต และนำวิธีการทางประวัติศาสตร์มาวิเคราะห์เหตุการณ์ต่างๆ
15.รายวิชาสำนวนโวหาร เรียนรู้วิธีการสำนวนโวหารในทางขยายความในภาษาอาหรับ เข้าใจเนื้อหาอัลกุรอานและฮาดิษได้อย่างถูกต้อง และ
16.รายวิชาตรรกวิทยา เรียนรู้และเข้าใจการสร้างเหตุและผลในการหาหลักฐานของอัลลอย
พร้อมกันนี้ยังได้มีการประมวลสื่อและแหล่งเรียนรู้แต่ละรายวิชา ประกอบด้วย องค์ความรู้ ทักษะ กระบวนการเรียนรู้ คุณลักษณะ และค่านิยม คุณธรรม จริยธรรมของผู้เรียน สามารถกำหนดมาตรฐานการเรียนรู้ มีความเชื่อมโยงและเทียบโอนผลการเรียนได้ในอนาคต ทั้งนี้จะมีการผนวกการสอนวิชาชีพ ภาษาไทย อาหรับ และอังกฤษควบคู่ไปกับการเรียนด้วย
"เราได้ประสานกับสำนักงานบริหารงานการศึกษานอกโรงเรียน (กศน.) ให้จัดทำหลักสูตรสายสามัญโดยนำหลักคำสอนในศาสนาอิสลามมาชี้ให้เห็นว่าผู้เรียนจำเป็นต้องเรียนในแต่ละเรื่อง เช่น ภาษาเพราะอะไร และไม่ได้ผิดหลักคำสอน เนื่องจากในคัมภีร์อัลกุรอานก็ได้กำหนดไว้เช่นกัน ซึ่งถือว่าเป็นศักราชใหม่ที่เราจะนำมาใช้สอนในสถาบันศึกษาปอเนาะ ผู้เรียนจะมีวุฒิที่สามารถนำไปศึกษาต่อได้ทั้งในและต่างประเทศ"รมช.ศึกษาฯ กล่าวถึงหลักสูตรอิสลามศึกษาที่จัดทำขึ้น
สำหรับการพัฒนาบุคลากรนั้น ศธ.มีนโยบายที่จะให้โต๊ะครู และผู้ช่วยโต๊ะครูได้เข้าศึกษาต่อในระดับที่สูงขึ้น โดยได้มอบหมายให้มหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา ดำเนินการเปิดการเรียนการสอนใน 2 หลักสูตร คือ หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิตการบริหาร รับจำนวน 100 คน และหลักสูตรต่อเนื่อง 2 ปี รับจำนวน 200 คน โดยกำลังเปิดรับสมัครและจะเปิดการเรียนในวันที่ 17 พ.ค.2548 รวมทั้งให้มีการอบรมคอมพิวเตอร์ ซึ่งในอนาคตจะจัดตั้งโรงเรียนฝึกอบรมครูสอนศาสนาอิสลามที่จบการศึกษาจากทั้งในและต่างประเทศ ที่มีลักษณะคล้ายกับโรงเรียนฝึกหัดครูในอดีต เพื่อให้รู้วิธีการสอน และสอนได้อย่างถูกต้อง โดยจะได้รับประกาศนียบัตรรับรองว่าผ่านการฝึกอบรมและสามารถสอนได้
นับเป็นครั้งแรกที่มีการจัดทำหลักสูตรอิสลามศึกษาฯ ขึ้น ซึ่ง นายอารีย์มีแนวคิดที่จะนำไปเผยแพร่ให้กับนักเรียนชาวพุทธ คริสต์และศาสนาอื่นๆ ได้รู้ว่า การเรียนการสอนของศาสนาอิสลามเรียนรู้เกี่ยวกับเรื่องอะไรบ้าง ซึ่งมูฮัมมัดอาลาวี ถึงกับบอกว่า
"แนวคิดที่จะนำหลักสูตรปอเนาะไปเผยแพร่ในโรงเรียนต่างๆ ทั่วประเทศถือเป็นเรื่องที่เป็นไปได้ เพราะจะทำให้เด็กได้เรียนรู้ว่าคำสอนศาสนาอื่นๆ สอนอะไร และเรียนอะไร ซึ่งเป็นไปตามพระราชดำรัสของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวที่ต้องการให้ทุกคนเข้าใจ เข้าถึง และพัฒนา" ซึ่งเขาเชื่อว่าจะทำให้เกิดสันติสุขขึ้นในประเทศและเป็นสิ่งที่โต๊ะครูทุกคนต่างต้องการให้เกิดขึ้น
"ปอเนาะ" ซึ่งเป็นสถานที่สอนศาสนาอิสลามให้กับเด็ก เยาวชนและประชาชนในพื้นที่ ถูกจับตามองว่าอาจเป็นแหล่งรวบรวมกำลังพลในการก่อความไม่สงบ จนนำมาซึ่งการตรวจค้นและจับกุมโต๊ะครูหลายครั้งด้วยกัน ขณะเดียวกันการดำเนินการดังกล่าวของฝ่ายบ้านเมืองก็ไปสร้างความไม่พอใจให้กับโต๊ะครูซึ่งเป็นผู้นำทางศาสนาใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ด้วย
ทันทีที่รัฐบาลประกาศ "จัดระเบียบปอเนาะ" เมื่อประมาณกลางปี 2547 กระแสเสียงคัดค้านและต่อต้านจากผู้นำทางศาสนาจึงดังขึ้นอย่างอึงมี่และทำท่าว่า การประกาศจัดระเบียบปอเนาะทำท่าจะล้มเหลวเพราะไม่ได้รับความร่วมมือจากบรรดา "บาบอ" ซึ่งเป็นเจ้าของปอเนาะ และโต๊ะครูในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนทั้งหมด
"ขณะนั้นโต๊ะครูทุกคนไม่เข้าใจว่าการจัดระเบียบปอเนาะที่รัฐบาลประกาศออกมานั้น หมายความว่าอะไร เราเข้าใจว่ารัฐบาลจะเข้ามาควบคุมดูแลการสอนศาสนาของเราทั้งหมด นอกจากนี้รัฐบาลก็บอกกับพวกเราด้วยว่าจะมีการประมวลและจัดทำหลักสูตรอิสลามศึกษาขึ้น ขณะนั้นเราก็เข้าใจว่ารัฐบาลจะเป็นผู้ออกหลักสูตรเองแล้วให้เรานำมาปฏิบัติ ทำให้ผู้นำทางศาสนาไม่ยอมให้ความร่วมมือและเกิดกระแสต่อต้านขึ้น แต่เมื่อได้ทำความเข้าใจกันแล้ว ทุกคนก็พร้อมให้ความมือ" มูฮัมมัดอาลาวี บือแน เลขานุการชมรมสถาบันศึกษาปอเนาะจังหวัดชายแดนภาคใต้ เปิดเผยถึงความเข้าใจที่ไม่ตรงกันระหว่างผู้นำทางศาสนาอิสลามในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้และฝ่ายรัฐบาล
เจตนารมณ์ที่รัฐบาลต้องการดำเนินการในขณะนั้น คือ ขอให้ปอเนาะมาขึ้นทะเบียนเป็น "สถาบันศึกษาปอเนาะ" อย่างถูกต้องตามกฎหมาย โดยรัฐจะจัดงบประมาณสนับสนุนให้จำนวนหนึ่ง ตามที่สถาบันปอเนาะแต่ละแห่งต้องการพัฒนาตามความจำเป็น ขณะเดียวกันก็ขอให้ผู้นำทางศาสนาและครูสอนศาสนาร่วมกันประมวล"หลักสูตรการจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาในสถาบันปอเนาะ" ขึ้น เพื่อให้สถาบันศึกษาปอเนาะทุกแห่งสามารถนำไปใช้ได้อย่างแพร่หลาย ซึ่งหลังจากทำความเข้าใจได้ตรงกันแล้ว มีปอเนาะยื่นจดทะเบียนทั้งสิ้น 212 แห่ง และมียื่นขอจดทะเบียนเพิ่มเติมอีก 31 แห่งในภายหลัง
อารีย์ วงศ์อารยะ รมช.ศึกษาธิการ ซึ่งเป็นรัฐมนตรีที่ถูกวางมือให้มาช่วยทำงานในเรื่องนี้โดยตรง ระบุว่า รัฐบาลต้องการให้ผู้นำทางศาสนาอิสลาม ตลอดจนโต๊ะครูและผู้เชี่ยวชาญทั้งหลายมาร่วมกันประมวลการจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษา เพื่อจะได้รู้ว่าปอเนาะแต่ละแห่งสอนเรื่องอะไร เรียนเรื่องอะไรกัน ขณะเดียวกันก็จะส่งผลดีต่อปอเนาะทั่วไปด้วย เพราะรัฐบาลและคนทั่วไปจะได้รู้ว่าสถาบันศึกษาปอเนาะทุกแห่งสอนให้คนเป็นคนดี เป็นแหล่งอบรมบ่มนิสัยเด็กและเยาวชนให้รักสันติสุข ซึ่งจะไม่ถูกเข้าใจผิดว่าเป็นแหล่งที่ก่อให้เกิดความไม่สงบในพื้นที่ขึ้น
ความร่วมมือระหว่างผู้นำทางศาสนาและรัฐบาลในการประมวลการจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาในสถาบันปอเนาะ ภายหลังกาจดทะเบียนสถาบันศึกษาปอเนาะดำเนินไปอย่างต่อเนื่อง ซึ่งเมื่อวันที่ 7 มี.ค.ที่ผ่านมา นายอารีย์พร้อมด้วย บาบอ โต๊ะครูและผู้ช่วยโต๊ะครูกว่า 350 คน ได้มาร่วมกันพิจารณาประมวลจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาจังหวัดชายแดนภาคใต้ขึ้น หลังจากที่คณะกรรมการประมวลการจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาในสถาบันศึกษาปอเนาะที่ ศธ. ตั้งขึ้น ได้วิเคราะห์การจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาในสถาบันศึกษาปอเนาะจังหวัดชายแดนภาคใต้เสร็จเรียบร้อยแล้ว
สำหรับประมวลการจัดการเรียนรู้อิสลามศึกษาฯ มีกลุ่มเนื้อหาสาระจำนวน 16 รายวิชา ประกอบด้วย
1.รายวิชาอัล-กุรอาน เรียนรู้เกี่ยวกับการอ่านและการนำไปใช้ประกอบศาสนกิจ
2.รายวิชาอัล-หะดีษ เรียนรู้ข้อบังคับและแนวปฏิบัติตามหลักศาสนาและการนำไปใช้ในชีวิตประจำวัน รายวิชา
3.รายวิชาหลักศรัทธา เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับหลักการศรัทธาตามแนวฉบับของอิสลาม
4.รายวิชาศาสนบัญญัติ เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับบทบัญญัติของสาสนาอิสลาม เพื่อให้การปฏิบัติศาสนกิจได้อย่างถูกต้องและมีทัศนคติที่ดีต่อการปฏิบัติศาสนกิจ
5.รายวิชาจริยธรรม เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับคุณธรรมจริยธรรมอันดีงามตามหลักการของศาสนาอิสลาม
6.รายวิชาอัครขรวิธี เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับหลักไวยากรณ์ของภาษาอาหรับ
7.รายวิชาวากยสัมพันธ์ เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับคำในภาษาอาหรับ
8.รายวิชาอรรถาธิบายอัลกุรอาน เข้าใจความหมายของอัลกุรอานและหลักการอรรถาธิบายอัลกุรอาน ยึดมั่นในการดำเนินชีวิตอยู่ร่วมกันในสังคมอย่างสันติสุข
9.รายวิชาหลักการอ่านอัล-กุรอาน เรียนรู้หลักการอ่านอัล-กุรอานได้คล่องและถูกต้อง
10.รายวิชาหลักการอรรถาธิบายอัล-กุรอาน เรียนรู้หลักการตีความโองการอัลกุรอานเพื่อเข้าใจสาระได้ถูกต้อง
11.รายวิชาหลักการวัจนะ เรียนรู้และเข้าใจในการวิเคราะห์อัลฮาอิษ บทฮาดิษและผู้รายงานอัลฮาดิษ ตลอดจนนำไปใช้ในชีวิตประจำวัน
12.รายวิชาหลักการศาสนาบัญญัติ เรียนรู้และเข้าใจเกี่ยวกับหลักการศาสนาบัญญัติและตีความอัลกุรอานและฮาดีษเพื่อกำหนดบทบัญญัติ
13.รายวิชาแบ่งมรดก เรียนรู้และเข้าใจวิธีการแบ่งมรดกของผู้ที่ถึงแก่กรรม เพื่อรู้ถึงสิทธิรับมรดก
14.รายวิชาศาสนประวัติ เรียนรู้เหตุการณ์ในอดีต และนำวิธีการทางประวัติศาสตร์มาวิเคราะห์เหตุการณ์ต่างๆ
15.รายวิชาสำนวนโวหาร เรียนรู้วิธีการสำนวนโวหารในทางขยายความในภาษาอาหรับ เข้าใจเนื้อหาอัลกุรอานและฮาดิษได้อย่างถูกต้อง และ
16.รายวิชาตรรกวิทยา เรียนรู้และเข้าใจการสร้างเหตุและผลในการหาหลักฐานของอัลลอย
พร้อมกันนี้ยังได้มีการประมวลสื่อและแหล่งเรียนรู้แต่ละรายวิชา ประกอบด้วย องค์ความรู้ ทักษะ กระบวนการเรียนรู้ คุณลักษณะ และค่านิยม คุณธรรม จริยธรรมของผู้เรียน สามารถกำหนดมาตรฐานการเรียนรู้ มีความเชื่อมโยงและเทียบโอนผลการเรียนได้ในอนาคต ทั้งนี้จะมีการผนวกการสอนวิชาชีพ ภาษาไทย อาหรับ และอังกฤษควบคู่ไปกับการเรียนด้วย
"เราได้ประสานกับสำนักงานบริหารงานการศึกษานอกโรงเรียน (กศน.) ให้จัดทำหลักสูตรสายสามัญโดยนำหลักคำสอนในศาสนาอิสลามมาชี้ให้เห็นว่าผู้เรียนจำเป็นต้องเรียนในแต่ละเรื่อง เช่น ภาษาเพราะอะไร และไม่ได้ผิดหลักคำสอน เนื่องจากในคัมภีร์อัลกุรอานก็ได้กำหนดไว้เช่นกัน ซึ่งถือว่าเป็นศักราชใหม่ที่เราจะนำมาใช้สอนในสถาบันศึกษาปอเนาะ ผู้เรียนจะมีวุฒิที่สามารถนำไปศึกษาต่อได้ทั้งในและต่างประเทศ"รมช.ศึกษาฯ กล่าวถึงหลักสูตรอิสลามศึกษาที่จัดทำขึ้น
สำหรับการพัฒนาบุคลากรนั้น ศธ.มีนโยบายที่จะให้โต๊ะครู และผู้ช่วยโต๊ะครูได้เข้าศึกษาต่อในระดับที่สูงขึ้น โดยได้มอบหมายให้มหาวิทยาลัยราชภัฏยะลา ดำเนินการเปิดการเรียนการสอนใน 2 หลักสูตร คือ หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิตการบริหาร รับจำนวน 100 คน และหลักสูตรต่อเนื่อง 2 ปี รับจำนวน 200 คน โดยกำลังเปิดรับสมัครและจะเปิดการเรียนในวันที่ 17 พ.ค.2548 รวมทั้งให้มีการอบรมคอมพิวเตอร์ ซึ่งในอนาคตจะจัดตั้งโรงเรียนฝึกอบรมครูสอนศาสนาอิสลามที่จบการศึกษาจากทั้งในและต่างประเทศ ที่มีลักษณะคล้ายกับโรงเรียนฝึกหัดครูในอดีต เพื่อให้รู้วิธีการสอน และสอนได้อย่างถูกต้อง โดยจะได้รับประกาศนียบัตรรับรองว่าผ่านการฝึกอบรมและสามารถสอนได้
นับเป็นครั้งแรกที่มีการจัดทำหลักสูตรอิสลามศึกษาฯ ขึ้น ซึ่ง นายอารีย์มีแนวคิดที่จะนำไปเผยแพร่ให้กับนักเรียนชาวพุทธ คริสต์และศาสนาอื่นๆ ได้รู้ว่า การเรียนการสอนของศาสนาอิสลามเรียนรู้เกี่ยวกับเรื่องอะไรบ้าง ซึ่งมูฮัมมัดอาลาวี ถึงกับบอกว่า
"แนวคิดที่จะนำหลักสูตรปอเนาะไปเผยแพร่ในโรงเรียนต่างๆ ทั่วประเทศถือเป็นเรื่องที่เป็นไปได้ เพราะจะทำให้เด็กได้เรียนรู้ว่าคำสอนศาสนาอื่นๆ สอนอะไร และเรียนอะไร ซึ่งเป็นไปตามพระราชดำรัสของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวที่ต้องการให้ทุกคนเข้าใจ เข้าถึง และพัฒนา" ซึ่งเขาเชื่อว่าจะทำให้เกิดสันติสุขขึ้นในประเทศและเป็นสิ่งที่โต๊ะครูทุกคนต่างต้องการให้เกิดขึ้น